MSCs能够与先天性和适应性免疫系统中的多种细胞相互作用。它们可以抑制T淋巴细胞的过度活化和增殖，调节辅助性T细胞（Th1,Th2,Th17）与调节性T细胞（Treg）之间的平衡，从而抑制过度的细胞免疫和体液免疫应答。同时，MSCs也能影响B淋巴细胞的功能，抑制其分化为浆细胞并产生抗体。

 

对于自然杀伤细胞（NK细胞），MSCs在抑制其活性和细胞毒性的同时，还能促使其分泌有益的细胞因子。此外，MSCs还能作用于树突状细胞，抑制其成熟和抗原呈递能力，从源头上减弱免疫反应的启动。对巨噬细胞，MSCs能促进其从促炎的M1型向抗炎、促修复的M2型极化。

 

尤为重要的是，MSCs的免疫调节功能具有“情境依赖性”。在炎症环境下，其免疫抑制能力会被显著激活；而在正常生理状态下，其作用则相对温和。这种“智能”特性使其在治疗中既能控制有害的炎症，又不太可能导致全面的免疫抑制，降低了继发感染的风险。这一特性为治疗移植物抗宿主病、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等疾病提供了理论基础。